Inimtegevus üldiselt ja elektrienergia sh kõik taastuvenergia tootmisviisid häirivad mingil määral looduskeskkonda.
Jõe vooluhulk ei vähene sellest, et jõele ehitatakse või jõel töötab hüdroelektrijaam.
Hüdroelektrijaamade keskkonnamõjudeks loetakse ennekõike vooluveekogude takistamist paisuga ja elupaikade isoleeritust ülal ja allpool paisu.
Jõgi on terviklik ökosüsteem, mille iga muutuse esilekutsumisega tuleb olla ettevaatlik. Hüdroelektrijaamade tööks on vajalik toimiv pais jõel, mis võimaldab vee “kukkumise” turbiini.
Õige vooluhulga tagamine paisu all kindlustab minimaalse mõju veeloomastikule, s.h kalade liikumisele jões. Paisjärved suurendavad jõgede vastupanuvõimet põua- ja külmaperioodidel, mitmekesistavad maastikupilti ja avardavad puhkevõimalusi. Üle kahemeetrise sügavusega paisjärved ei jää suvel kuivaks ega külmu läbi talvel, tagades kaladele ja põhjaloomastikule elupaigad ka ekstreemtingimustel ning vältides ümbruskonna kaevude tühjaks jäämist põuaperioodidel.
Väited paisjärve ja paisu aluse veetaseme kõigutamisest ei pea paika – selline tegevus ei ole lubatud. Paisude toimimine ja veerežiim on rangelt kontrollitud.
Kirjeldused kalade sattumisest turbiini on ammused, sest tänapäeval peab selle vältimiseks hüdroelektrijaama veevõtu ees olema piisava tihedusega võre või rest.
Kalade vabaks liikumiseks tuleb teha investeeringuid kalapääsudesse. Hüdroelektrijaamades on võimalik elektrit toota ja samal ajal tagada kalade liikumine nii alla- kui ülesvoolu.
Eestis on küll aastatel 2007-2015 rajatud 89 kalapääsu, neist 70 lõhe, jõeforelli, meriforelli ja harjuse kudemis- ja elupaigana kinnitatud veekogudel, kuid hüdroelektrijaamaga koos töötavaid kalapääse on vähem kui 10.
Kas teadsid, et olemasolevas hüdroelektrijaamas elektri tootmine on väiksema keskkonna jalajäljega tegevus kui uue elektrijaama ehitamine ja selles elektri tootmine?
Olgu selleks uueks mistahes elektrijaam s.h. tuulegeneraatori püstitamine või päikesepaneelid. Jalajälge võrreldakse seadme või elektrijaama kogu elutsüklis. Täielik elutsükkel sisaldab materjalide tootmist ja transporti, ehitamise ressursimahukust sh. energiatarbimist ning mõju keskkonnale, ehitise kasutus- ja hoolduskulusid, jäätmete käitlust ja sotsiaal-majandusikke aspekte.